需氧性革蘭陽性球菌

鏈球菌屬

溶血性鏈球菌、肺炎鏈球菌

葡萄球菌屬

金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌

腸球菌屬

糞腸球菌、屎腸球菌

需氧性革蘭陰性球菌

卡他莫拉菌屬

卡他莫拉菌

奈瑟菌屬

腦膜炎奈瑟菌、淋病奈瑟菌

需氧性革蘭陽性桿菌

棒狀桿菌屬

白喉桿菌

李斯特菌屬

單核細胞增生性李斯特菌

腸桿菌科（革蘭陰性桿菌）

埃希氏菌屬

大腸埃希菌

沙門氏菌屬

沙門菌

志賀氏菌屬

志賀菌

克雷伯氏菌屬

肺炎克雷伯桿菌

沙雷氏菌屬

黏質沙雷菌

變形桿菌屬

奇異變形桿菌、普通變形桿菌

耶爾森氏屬

鼠疫耶爾森菌

腸桿菌屬

陰溝腸桿菌

弧菌屬與氣單胞菌屬

弧菌屬

霍亂弧菌

氣單胞菌屬

親水氣單胞菌

螺旋形革蘭陰性桿菌

彎曲菌屬

空腸彎曲菌

螺桿菌屬

幽門螺旋桿菌

非發酵菌（革蘭陰性桿菌）

假單胞菌屬

銅綠假單胞菌

不動桿菌屬

鮑曼不動桿菌、醋酸鈣不動桿菌

窄食單胞菌屬

嗜麥芽窄食單胞菌

莫拉菌屬

卡他莫拉菌

產堿桿菌屬

糞產堿桿菌

少見革蘭陰性桿菌

軍團菌屬

嗜肺軍團菌

巴爾通體屬

漢塞巴爾通體

嗜血桿菌屬

流感嗜血桿菌

放線桿菌屬

放線桿菌

苛氧性細菌

梭菌屬

破傷風梭菌、產氣莢膜梭菌、艱難梭菌

消化鏈球菌屬

厭氧消化鏈球菌

擬桿菌屬

脆弱擬桿菌

雙歧桿菌屬

長雙歧桿菌嬰兒亞種

乳桿菌屬

德氏乳桿菌、嗜酸乳桿菌、羅伊氏乳桿菌

韋榮球菌屬

韋榮球菌

人畜共患病病原菌

布魯菌屬

布魯氏菌

巴斯德菌屬

鼠疫耶爾森菌