自然界中所有生物都處在一個平衡的生態(tài)系統(tǒng)之中。噬菌體和細菌之間的相互關系是一種捕食關系，噬菌體為了生存必須感染細菌，以細菌為食；細菌為了生存就必須拼命抵抗噬菌體的感染。這兩種微生物持續(xù)相互作用，不斷競爭，不斷進化。它們在進化過程中會不斷生成新的“武器”，有點像“軍備競賽”，誰發(fā)展出更厲害的武器，誰就更勝一籌。

噬菌體與細菌的捕食關系，比如老虎和羊的關系。假設一個環(huán)境中只有兩種動物：老虎和羊。如果老虎多了，羊就會變少，如果羊變少了，老虎就沒得吃，老虎自然也會變少，老虎變少了，羊便又多了起來。這樣這兩種生命體的數(shù)量最終會達到了一種平衡狀態(tài)。同理，噬菌體也不能把細菌消滅干凈，而是會和細菌保持一種平衡關系。

實際上，噬菌體有兩種類型：一種類型是溶原性噬菌體。這種噬菌體感染細菌之后，不會馬上發(fā)作（即裂解細菌，專業(yè)術語稱為誘導），而是隱藏在細菌的基因組中，隨細菌基因組一起復制，與細菌共存很長時間，但最終它還要通過發(fā)誘導產(chǎn)生新的噬菌體后代，裂解釋放，然后再去感染新的細菌細胞，這是溶原性噬菌體的一個生命周期。因為溶原性噬菌體寄生需要細菌宿主才能存活，它與宿主形成了共生關系，為了讓自己和宿主抵抗各種環(huán)境以促進其生存，有些溶原性噬菌體會帶有一些毒力基因甚至是耐藥基因，起到了“武裝”宿主的作用。比如我們?nèi)匀挥洃洩q新的導致2011年德國大腸桿菌疫情的大腸桿菌O104:H4可能就是起源于普通大腸桿菌被攜帶志賀氏毒素的噬菌體感染。因為溶源性噬菌體在細菌體內(nèi)不馬上誘導裂解，而是與宿主細菌共生，而且時常會攜帶毒力基因以增強細菌的生存能力，所以在治療選擇上不做考慮。

另外一種是裂解性噬菌體。這種噬菌體感染細菌之后，會立即大量復制，隨后把細菌裂解，釋放大量的后代，然后去感染新的細菌。它與溶原性噬菌體最大的不同，在于裂解性噬菌體攻入細菌之后，能快速起作用，消滅細菌。噬菌體治療一般會選擇裂解性噬菌體，但是，當裂解性噬菌體難以獲得的時候，也可以將溶原性噬菌體進行基因改造，去除其攜帶的有害基因（如毒力基因和耐藥基因，如果有的話），同時將其與溶原性相關的基因刪除，從而將其改造為裂解性噬菌體用于噬菌體治療。