01三域學說的依據

• rRNA的順序和進化：通過對微生物的培養獲得純培養物，以獲得純培養物中的rRNA基因序列等信息，比對分析序列的信息，以確定微生物的親緣關系。

  
  

• 特征序列或序列印記（signature sequence）：利用計算機分析軟件，對rRNA全序列信息的分析比對，獲得在不同種群水平上的特異性的寡核苷酸序列，或在某些特定的序列位點上出現的單堿基印記。這一技術可以通過特異序列幫助某種微生物的分類歸屬。

  
  

• 系統發育樹：(phylogenetic tree)：以生物大分子序列的同源性程度構建的系統樹，類似樹枝一樣表示各生物之間的親緣關系。