染色體免疫共沉淀（Chromatin immunoprecipitation，ChIP）方法程序
染色體免疫共沉淀（Chromatin immunoprecipitation，ChIP）是一種可在體內(nèi)用來(lái)確定與某一特定蛋白結(jié)合或蛋白定位所在的特異性DNA序列的技術(shù)。方法程序如下圖：
第一步：用甲醛在體內(nèi)將DNA結(jié)合蛋白與DNA交聯(lián)（DNA-binding proteins are crosslinked to DNA with formaldehyde in vivo.）
第二步：分離染色體（質(zhì)），剪切后的DNA小片段與結(jié)合蛋白結(jié)合（Isolate the chromatin. Shear DNA along with bound proteins into small fragments.）
第三步：用特異性 抗體 與DAN結(jié)合蛋白結(jié)合，用沉淀法分離復(fù)合體。反向交聯(lián)操作釋放出DNA，并消化蛋白質(zhì)（Bind antibodies specific to the DNA-binding protein to isolate the complex by precipitation. Reverse the cross-
linking to release the DNA and digest the proteins.）
第四步：用PCR擴(kuò)增特異DNA序列，以確定是否與 抗體 共沉淀（Use PCR to amplify specific DNA sequences to see if they were precipitated with the antibody.）
染色體免疫共沉淀（Chromatin immunoprecipitation，ChIP）是理解染色體（質(zhì)）的一種革命性工具，它能使我們了解染色體（質(zhì)）及其相結(jié)合的因子之間的時(shí)空動(dòng)態(tài)和相互作用。無(wú)論是考察單個(gè)啟動(dòng)子在很短時(shí)間內(nèi)的變化，還是在整個(gè)人類(lèi)基因組中考察某個(gè)轉(zhuǎn)錄因子，染色體免疫共沉淀技術(shù)都能使我們了解在自然狀態(tài)下基因是如何被調(diào)控的。（Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) is a tool that has revolutionized our understanding of chromatin. ChIP has allowed us to dissect the spatio-temporal dynamics and interactions of chromatin and its associated factors (see Figure 1 for the structure of chromatin). Whether looking at minute-by-minute changes at a single promoter, or a single transcription factor over the entire human genome, ChIP has given us significant insight into how genes are regulated in their natural context.）
一、什么是ChIP?
ChIP的原理很簡(jiǎn)單：選擇性富集包含某一特異性抗原的染色體（質(zhì)）片段。能夠識(shí)別某一蛋白或目的修飾蛋白的抗體被用來(lái)確定抗原在基因組中一處或多處的相對(duì)豐度。
ChIP包括以下幾個(gè)步驟：
1、分離總?cè)旧w（質(zhì)）（需要通過(guò)交聯(lián)使目的抗原固定在染色體（質(zhì)）與其結(jié)合的部位）。
2、將染色體（質(zhì)）切割成片段（以提高精度）。
3、對(duì)切成片段的染色體（質(zhì)）進(jìn)行免疫沉淀。
4、免疫沉淀的染色體（質(zhì)）片段進(jìn)行分析，確定靶DNA序列水平與其輸入的染色體（質(zhì)）的相對(duì)豐度。
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