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RNA的電泳,轉膜和雜交
發布日期:2023-02-10 08:46:27


RNA的電泳,轉膜和雜交


實驗原理:

基本同Southern Blotting,但因RNA是單鏈分子 ,必須消除局部區域形成的二級結構,在電場中泳動的距離才能反映它本身的大小,因而需使用變性膠進行電泳;操作過程中應特別注意防止RNA的降解。


實驗材料:

經檢測質量好的RNA樣品


實驗步驟:
1.制膠:
Agarose 1%-1.2%,1×MOPS buffer。
用滅菌的DEPC水定容,加熱融化,冷卻至70℃加甲醛,使終濃度為2%,通風櫥中放1hr。
2.準備電泳液:1×MOPS buffer(小號槽約配500ml,中號槽約配900ml)
3.制樣:測好濃度后按以下體系加樣
15 mg RNA + 滅菌的DEPC水 10 ml
Sample buffer 8 ml
loading buffer 2 ml
EB (10mg/ml,專用于RNA) 0.03 ml
65℃水浴變性10 min,立即放冰上,直至點樣
4.點樣:點樣要仔細,不要漏出,并記錄點樣順序。
5.電泳:中號槽: 電壓100V電泳1hr左右,至溴酚蘭離點樣孔約3.5-4cm(凝膠在紫外燈下可看到28S和18S剛好分開即可)
6.轉膜:轉膜液用500ml 4×SSC加27ml 37%甲醛(終濃度為2%);轉膜步驟同Southern。注意加溶液后一切操作均在通風櫥內進行,以避免甲醛對人體的傷害
7.照相:將膠及膜取下,分別在凝膠成像系統下看膠上RNA是否有殘留,膜上RNA效果是否完好。
8.風干:在超凈工作臺上吹干。
9.固定:于紫外交聯儀內以1200 ENERGY照一次約半分鐘,再重復一次,再在超凈工作臺上吹干。
10.雜交:在雜交管內加約50ml雜交液,將膜卷起放入,注意RNA面朝內,于64℃預雜交1-4hr
11.探針準備:預先挖膠回收的PCR 產物或酶切產物(better),測濃度,跑膠驗證后,按以下體系加入
DNA 3 ml(約200ng)
ddH2O 10 ml
DNTP(1.67mM) 4 ml
雜交Buffer 10 ml
Klenow Fragment 2 ml
α-dCTP* 5 ml
先加入DNA 和 ddH2O,100℃變性10min,冰上放5min,再加入DNTP和雜交 primer,加酶時注意低溫操作,先加在管壁上,立即到同位素室加同位素,混勻離心,于室溫下反應半小時。
12.探針 純化:在原反應體系中繼續加入
ddH2O 66 ml
NaAc 10 ml
無水乙醇 250 ml
混勻離心12000rpm 5min,倒去上清后加500 ml無水乙醇洗,離心 2 min,12000 rpm,倒去上清,檢測信號,達103-104較好,加40 ml ddH2O和400 ml雜交液之后混勻離心,于100℃變性10min,冰上放置5min
13.13探針:取出雜交管倒去雜交液,加入15ml雜交液,將探針加入,蓋緊,于64℃雜交過夜
14.洗膜,壓片:將雜交管中液體倒出,先加少量洗膜液Ⅰ,冷洗5min,倒出,再多加些洗膜液Ⅰ,冷洗10min,將膜取出測信號,根據信號大小決定是否熱洗,若信號高,用洗膜液Ⅱ,Ⅲ繼續洗,直到信號值達到適宜值為止,即膜上某一區域信號強,而其他區域信號弱代表雜交上了,然后包膜壓片,放于-20℃或-80℃3天左右即可洗X片。
15.結果觀察與分析



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