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質粒DNA的小量制備
發布日期:2022-11-16 10:10:40


質粒DNA的小量制備


(一)細菌的收獲和裂解

1.收獲

1)將2ml含相應抗生素的LB加入到容量為15ml 并通氣良好(不蓋緊)的試管中,然后接入一單菌落,于30℃劇烈振搖下培養過夜。
  2)將1.5ml培養物倒入微量離心管中,用微量離心機于4℃以12000g離心30秒,將剩余的培養物貯存于4℃。
  3)吸去培養液,使細菌沉淀盡可能干燥。除去上清的簡便方法是用一次性使用的吸頭與真空管道相連,輕緩抽吸,并用吸頭接觸液面。當液體從管中吸出時,盡可能使吸頭遠離細菌沉淀,然后繼續用吸頭通過抽真空除去附于管壁的液滴。

3.煮沸裂解

該法根據Holmex和Quigley(1985)的方法改進而成。

1)將細菌沉淀[收獲細菌和步驟3)所得]重懸于350μlSTET中。
  STET
  0.1mol/L NaC
  10mmol/L Tris.Cl(pH8.0)
  1mmol/L EDTA(pH8.0)
  5% Triton X-100

2)加25μl新配制的溶菌酶溶液[10mg/ml,用10mmol/L Tris.Cl(pH8.0)配制],振蕩3秒鐘以混勻之。如果溶淮中pH低于8.0,溶菌酶就不能有效發揮作用。
  3)將離心管放入煮沸的水浴中,時間恰為40秒。
  4)用微量離心機于室溫以12 000g離心10分種。
  5)用無菌牙簽從微量離心管中去除細菌碎片。
  6)在上清中加入40μl 5mol/L乙酸鈉(pH5.2)和420μl異丙醇,振蕩混勻,于室溫放置5分鐘。
  7)用微量離心機于4℃以12 000g離心5分種,回收核酸沉淀。
  8)小心吸去上清液,將離心管倒置于一張紙巾上,以使所有液體流出。再將附于管壁的液滴除盡。除去上清的簡便方法是用一次性使用的吸頭與真空管道相連,輕緩抽吸,并用吸頭接觸液面。當液體從管中吸出時,盡可能使吸頭遠離核酸沉淀,然后繼續用吸頭通過抽真空除去附于管的液滴。
  9)加1ml70%乙醇,于4℃以12 000g離心2分鐘。
  10)按步驟8)所述再次輕輕地吸去上清,這一步操作要格外小心,因為有時沉淀塊貼壁不緊,去除管壁上形成的所有乙醇液滴,打開管口,放于室溫直至乙醇揮發殆盡,管內無可見的液體(2-5)分鐘。
11)用50μl含無DNA酶的胰RNA酶(20μg/ml)的TE(pH8.0)溶解核酸稍加振蕩,貯存于-20℃。

i.當從表達內切核酸酶A的大腸桿菌株(endA+株,如HB101 )中小量制粒DNA時,建議舍棄煮沸法。因為煮沸步驟不能完全滅活內切核酸酶A,以后在Mg2+存在下溫育(V中用限制酶時)質粒DNA可被降解。 在上述方案的步驟9)之間增加一步,即用酚:氯仿進行抽提,可以避免這一問題。

ii.此法制備的高考貝數質粒(如Xf3哉pUC),其產量一般約為:每毫升原細菌增減物3-5μg。

iii.如果要通過限酶切割反應來分析DNA,可取1μlDNA溶液加到另一個含8μl水的微量離心管內,加1μl 10x限制酶緩沖液和1單位所需限制酶,在適宜溫度溫育1-2小時。將剩余的DNA貯存于-20℃。通過凝膠電泳分析經限制酸消化的DNA片段。如果小量制備的DNA不被限制酶切開,很有可能在收獲細菌的步驟3)或上述步驟8)未能很好地去除所有液體。這種情況下,可用酚:氯仿抽提DNA終產物,然后用乙醇重新沉淀DNA,通常,用5-10倍過量的酶(特別是并不昂貴的酶)在100-200μl 體積中進行消化,可以克服限制酶切割反應遇到切割反應遇到的困難。消化后, 加0. 1 體積3mol/L乙酸鈉(pH5.2)和2倍體積乙醇沉淀DNA。



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