| ?按革蘭氏染色與細胞壁分類-革蘭氏陽性菌?：細胞壁肽聚糖層厚達50%-80%，經結晶紫、碘染色后，酒精無法將結晶紫-碘復合物洗脫，最終染成藍紫色；代表菌種有金黃色葡萄球菌、化膿性鏈球菌。 |
| ?按革蘭氏染色與細胞壁分類-革蘭氏陰性菌?：細胞壁肽聚糖層僅5%-20%，結晶紫易被酒精洗脫，番紅復染后呈紅色；代表菌種有大腸桿菌、銅綠假單胞菌；分枝桿菌等脂質含量高的細菌需用抗酸染色鑒別。 |
| ?按形狀分類-球菌?：球形或橢圓形單細胞細菌，按排列方式進一步分為單球菌（微球菌黃色）、雙球菌（肺炎雙球菌）、鏈球菌（化膿性鏈球菌）、四聯球菌、葡萄球菌（金黃色葡萄球菌）、八疊球菌六類。 |
| ?按形狀分類-桿菌?：桿狀或圓柱形細菌，可單個或成對存在，代表為蠟狀芽孢桿菌；長短粗細差異大，是臨床致病菌中種類最多的形態類群。 |
| ?按形狀分類-螺形菌?：分為兩類，弧菌呈彎曲逗號狀，代表為霍亂弧菌；螺菌呈螺旋彈簧狀、具多個彎曲和末端鞭毛，代表為迂回螺菌。 |
| ?按營養類型分類-光能營養菌?：以光能為能源，進一步分為光能無機營養菌（以硫化氫為電子供體，如光合硫細菌）和光能有機營養菌（以有機物為電子供體，如紫色非硫細菌）。 |
| ?按營養類型分類-化能營養菌?：從化合物氧化中獲取能量，分為化能無機自養菌（以無機物為電子源，如亞硝化細菌）和化能有機異養菌（以有機物為電子源，如假單胞菌），后者包含絕大多數人類致病菌。 |
| ?按營養類型分類-自養菌?：以二氧化碳為唯一碳源合成有機物，分為光能自養和化能自養兩類，可獨立完成碳固定，不需要依賴現成有機碳源。 |
| ?按營養類型分類-異養菌?：以有機化合物為碳源，無法固定二氧化碳，大多數人類致病菌屬于該類；部分苛求異養菌需要特殊生長因子才能增殖。 |
| ?按溫度需求分類-嗜冷菌?：0℃可生長，最適15℃以下、最高20℃，細胞膜含多元不飽和脂肪酸維持低溫流動性，代表為極地單胞菌、嗜冷彎曲菌。 |
| ?按溫度需求分類-兼性嗜冷菌?：0℃可生長，最適生長溫度20-30℃，可在冷藏食品中緩慢增殖，是食品冷藏腐敗的常見原因。 |
| ?按溫度需求分類-中溫菌?：最適25-40℃、37℃最佳，絕大多數人類致病菌屬于該類，代表為大腸桿菌、沙門氏菌、克雷伯菌、葡萄球菌。 |
| ?按溫度需求分類-嗜熱菌?：45℃以上生長最佳，細胞膜含飽和脂肪酸維持高溫穩定，分為專性嗜熱菌和兼性嗜熱菌，代表為嗜熱鏈球菌、水生嗜熱菌。 |
| ?按溫度需求分類-超嗜熱菌?：最適生長溫度80℃以上，多為古生菌，單層細胞膜結構耐高溫，代表為嗜熱硫化葉菌、煙孔火葉菌。 |
| ?按需氧情況分類-專性需氧菌?：必須有氧氣才能存活，代表為醫院常見感染菌銅綠假單胞菌。 |
| ?按需氧情況分類-兼性厭氧菌?：有氧無氧均可生長，具備完整有氧呼吸和發酵酶系，代表為大腸桿菌、金黃色葡萄球菌和多數腸道細菌。 |
| ?按需氧情況分類-專性厭氧菌?：無法利用氧氣，會被氧毒性代謝產物殺死，代表為引發破傷風、肉毒中毒的梭狀芽孢桿菌。 |
| ?按需氧情況分類-耐氧菌/微需氧菌?：耐氧菌可耐受氧氣但不利用氧氣進行發酵，代表為乳酸菌；微需氧菌僅需低濃度氧氣，對氧毒性敏感，代表為彎曲桿菌。 |
| ?按生長pH分類-嗜酸菌/嗜堿菌/中性菌?：嗜酸菌酸性pH下最佳生長，代表為氧化硫硫桿菌；嗜堿菌堿性pH最佳，霍亂弧菌最適pH為8.2；中性菌在pH6.5-7.5生長最好，代表為大腸桿菌，多數致病菌屬于此類。 |
| ?按滲透壓需求分類-嗜鹽菌?：需要高鹽環境，普通嗜鹽菌在3.5%鹽度的海水中分布廣泛；極端嗜鹽菌需20%-30%超高鹽濃度，多存在于死海、鹽池中；兼性嗜鹽菌可耐受2%鹽分，不依賴高鹽生長。 |
| ?按鞭毛數量分類?：分為五類，無鞭毛菌如白喉棒狀桿菌；單鞭毛菌如霍亂弧菌（菌體一端單根鞭毛）；叢鞭毛菌如假單胞菌（菌體一端一束鞭毛）；雙鞭毛菌如紅螺菌（菌體兩端各一束鞭毛）；周鞭毛菌如芽孢桿菌（周身均勻分布鞭毛）。 |
| ?按芽孢形成分類?：分為芽孢形成菌和非芽孢形成菌；芽孢形成菌又分為內生芽孢菌（枯草芽孢桿菌、梭菌屬，在細胞內形成芽孢）和外生芽孢菌（甲烷螺菌屬，在細胞外形成芽孢），非芽孢菌代表為大腸桿菌。 |
